Państwo wyspiarskie usytuowane na wąskim łańcuchu wysp na zachodnim Pacyfiku, u wschodnich wybrzeży Azji, o długości 3,3 tys. km. Archipelag rozciąga się niemal południkowo, tworząc łagodny łuk wygięty w stronę kontynentu. Punktem wysuniętym najdalej na północ jest przylądek Sōya (45°31′N) na północnym krańcu wyspy Hokkaido, a punktem wysuniętym najdalej na południe jest mini-archipelag trzech wysepek o nazwie Oki-no-Tori-shima (20°25′N). Natomiast w przypadku wzięcia pod uwagę wyłącznie czterech głównych wysp, najbardziej wysuniętym na północ punktem jest przylądek Sōya, a najbardziej wysuniętym na południe punktem jest przylądek Sata (30°59′N) na krańcu półwyspu Ōsumi na wyspie Kiusiu.